外科部是醫院醫療非常重要之一環，負責院內外科人員之培訓、醫學研究和醫療服務﹔高雄市立聯合醫院成立以來，即延攬各專科人才，加強外科部陣容，增進市民之外科醫療服務。
目前本部設有一般外科、消化外科、心臟血管外科、胸腔外科、神經外科、整形外科、小兒外科、大腸直腸外科、泌尿科和骨科，主任和主治醫師多由醫學中心轉任本院，學有專長，並有豐富之臨床經驗，提供市民醫學中心級之醫療，兼併區域醫院之親切方便，對於每一病患皆有專科主治醫師負責，以愛心配合先進之醫療設備和精湛之醫術，為病患作最完善之醫療服務。
外科部有一般病床104床，加護病房24床，分別位於美術館院區，並同時每日及夜間皆有門診服務。
本院為一區域教學醫院，外科部負責外科專科醫師之訓練，並和各醫學中心訂有策略聯盟，提供人員之交流、支援、進修之管道，本部除醫療和教學服務外，醫學研究風氣鼎盛，除積極從事研究計劃外，並在國內外醫學會及期刊雜誌中發表論文，以提昇醫療品質。
一般外科及腸胃外科
醫療服務項目：
1. 乳房疾病︰
乳房篩檢、良性及惡性疾病治療、乳癌化學治療、乳房超音波檢查、乳房外科為本院外科部之強項，患者極多。
2. 甲狀腺疾病︰
甲狀腺功能異常、甲狀腺炎、甲狀腺良性及惡性腫瘤。
3. 腸胃、大腸、直腸及肛門疾病︰
胃或十二指腸潰瘍、胃腸道出血、腸阻塞、闌尾炎、大腸憩室炎、腸道良性及惡性腫瘤、痔瘡、肛門廔管、肛裂、腹腔腫瘤、腹部外傷。
4.腹腔鏡手術︰膽結石。
5.疝氣手術︰腹股溝疝氣、切口疝氣、臍疝氣等。
腦神經外科
腦神經外科是一極為精緻之醫療科，專科醫師資格必須經過外科二年及神經外科四年之嚴密訓練，本科診療項目包括頭部外傷、腦中風、腦出血、腦腫瘤、脊椎損傷、椎間板突出症(俗稱骨刺)、多類頭痛(神經痛、頸部酸痛、腰痛等)、手汗症、末梢神經疾病等。
本院現有顯微手術、超音波、電腦斷層等先進精細之醫療設備，並積極設置磁震掃描中，本科除門診及住院病患外，亦有24小時全天候之急重症病患診療(頭部外傷、腦震盪、脊椎損傷、腦出血等)之診療，並與高雄醫學大學訂有策略聯盟，加強人才培訓和醫療服務。
整形外科
醫療服務項目：
1.健保醫療︰
糖尿病足、褥瘡、燒燙傷、各類困難傷口治療及重建、顏面外傷、顏面骨折、異物取出、各類皮膚及皮下腫瘤。
2.自費醫療︰
肉毒桿菌素及玻尿酸注射、雷射磨皮、雷射點痣、雷射痘疤改善、雷射美白、雷射除斑、修疤手術、雙眼皮手術、眼袋手術、脂肪注射移植、狐臭手術、內視鏡前額拉皮、內視鏡隆乳手術、縮乳及提乳手術、乳頭乳暈整形、乳房重建手術。
大腸直腸外科
醫療服務項目：
1.大腸直腸疾病︰
大腸憩室炎、大腸瘜肉、大腸良性及惡性腫瘤、便秘、腸阻塞、直腸脫垂。
2.肛門疾病︰
痔瘡、肛裂、肛門廔管、肛門膿瘍、肛脫、肛門潰瘍、肛門瘜肉、惡性腫瘤。
3.痔瘡手術︰
橡皮圈結紮術、超音波痔瘡切除術、痔瘡環狀切除術。
胸腔外科 主治項目：
外傷性血胸、氣胸、胸部挫傷、肋骨骨折、肺挫傷、肺出血、橫膈破裂、氣管裂傷等。
自發性氣胸、肺泡破裂微創胸腔鏡手術。
肺膿瘍、肺腫瘤、肺癌之診斷及根治手術。
縱膈腔腫瘤、食道癌、食道灼傷等治療。
胸腔鏡迷你交感神經切除術、手心多汗症治療等等。
心臟血管外科
醫療服務項目：
1.血管疾病︰
下肢靜脈曲張、急性動脈栓塞、慢性動脈阻塞之血管重建術、糖尿病足血管之修復、外傷破裂血管之重建、深部靜脈栓塞。
2.透析疾患︰動靜脈瘻管之建立、動靜脈瘻管阻塞及相關副作用之處置、動靜脈瘻管動脈瘤破裂之處置。
3.小兒心臟病︰開放性動脈導管。
4.其他︰各種心臟病之手術諮詢。
主治項目 周邊血管病變阻塞血行不良、洗腎動靜脈血管吻合、下肢靜脈曲張等手術。
小兒外科
醫療服務項目：
十八歲以下兒童之ㄧ般外科疾病及外傷
1.小兒常見且需要手術之疾病：
如舌繫帶過緊、多指症、血管瘤、淋巴管瘤、斜頸、雞胸、漏斗胸、臍肉芽腫、臍疝氣、腹股溝疝氣、陰囊水腫、隱睪、包莖併發炎、尿道下裂等。
2.新生兒手術：
如腸道閉鎖及狹窄、腸道旋轉不全併腸阻塞、胎便性腹膜炎、肛門閉鎖、食道閉鎖及食道氣管瘻管、肥厚性
幽門狹窄、腹裂畸形及臍膨出、橫膈疝氣、脊髓腦膜膨出等。
3.小兒腹部急症：
如急性闌尾炎、腸套疊、嵌閉性腹股溝疝氣、睪丸扭結。
4.各類腫瘤：
如皮下軟組織腫瘤、胸腔腫瘤、肝臟腫瘤、腎臟腫瘤、神經母細胞腫瘤、卵巢腫瘤畸胎瘤等。
5.其他消化系統病變：
如膽道閉鎖、總膽管囊腫、先天性巨結腸症、憩室炎及出血、肛門膿瘍及肛門瘻管等。
6.其他泌尿科生殖系統病變：
如腎盂輸尿管接合處阻塞、膀胱輸尿管逆流、膀胱外翻、泄殖腔外翻、陰道閉鎖、陰唇黏合、外陰畸形等。
7.小兒外傷急症處理。
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